Viņš nomira no bronhopneimonijas, ko bija izraisījusi viņa saslimšana ar AIDS, 1991. gada 24. novembrī. Slimību viņš slēpa līdz pat dienai pirms savas nāves, par spīti baumām. Savā pēdējā videoklipā (dziesmai I'm Going Slightly Mad) mūziķis valkāja čībiņveida kurpes čulgu dēļ uz kājām, rokās bija cimdi balto pleķu dēļ un seja bija nogrimēta plankumu dēļ. Merkūrijs slēpa arī savu izcelsmi no cilvēkiem.[nepieciešama atsauce] Tomēr viņš nebija slēpis savu biseksualitāti. Kopā ar Monseratu Kabaljē viņš iedziedāja dziesmu "Barcelona", kura bija veltīta 1992. gada Olimpiskajām spēlēm Barselonā, tomēr to nevarēja izpildīt atklāšanas ceremonijā pāragrās nāves dēļ.
